Опитах се да инсталирам gromacs 5.1.1 чрез homebrew, всички команди не са намерени

1. Как да инсталирам най-новата версия на Gromacs?
2. Как да изтегля и инсталирам Gromacs?
3. Как да инсталирам Gromacs на Windows 10?
4. Как да стартирам Gromacs в Linux?
5. Каква е най-новата версия на Gromacs?
6. Как да проверя версията на Gromacs?
7. Как да инсталирам Gromacs?
8. Как да изтегля и инсталирам Cmake?
9. Как да инсталирам Gromacs с поддръжка на GPU?
10. Как да изтегля Gromacs в Linux?
11. Как използвате Gromacs?
12. Как деинсталирате Gromacs Linux?

Как да инсталирам най-новата версия на Gromacs?

Като алтернатива можете да изтеглите и разопаковате тестовия пакет за регресия на GROMACS https: // ftp.громаци.org / regressiontests / regressiontests-2021.2.катран.gz tarball себе си и използвайте разширената опция cmake REGRESSIONTEST_PATH, за да посочите пътя към разопакованата tarball, която след това ще бъде използвана за тестване.

Как да изтегля и инсталирам Gromacs?

Като алтернатива можете да изтеглите и разопаковате тестовия пакет за регресия на GROMACS http: // gerrit.громаци.org / download / regressiontests-2020.катран.gz tarball себе си и използвайте разширената опция cmake REGRESSIONTEST_PATH, за да посочите пътя към разопакованата tarball, която след това ще бъде използвана за тестване.

Как да инсталирам Gromacs на Windows 10?

Процедура

1. Изтеглете изходния код на GROMACS и разархивирайте някъде.
2. Стартирайте CMake GUI.
3. Задайте директорията на изходния код в "Къде е изходният код" ...
4. Задайте различно местоположение, за да поставите вградения GROMACS в "Къде да изградите двоичните файлове" ...
5. Щракнете върху Конфигуриране. ...
6. Конфигурирането ще спре, тъй като не може да намери FFTW.

Как да стартирам Gromacs в Linux?

Изпълнете входния файл (.

Следващата стъпка е да се комбинират молекулярната структура (gro файл), топология (най-горният файл) MD-параметри (mdp файл) и (по избор) индексният файл (ndx), за да се генерира входен файл за изпълнение (разширение tpr). Този файл съдържа цялата информация, необходима за стартиране на симулация с GROMACS.

Каква е най-новата версия на Gromacs?

GROMACS

Как да проверя версията на Gromacs?

Просто напишете "pdb2gmx" в терминала и ще се запознаете с цялата необходима информация.

Как да инсталирам Gromacs?

Като алтернатива можете да изтеглите и разопаковате тестовия пакет за регресия на GROMACS http: // gerrit.громаци.org / download / regressiontests-5.1.4.катран.gz tarball себе си и използвайте разширената опция cmake REGRESSIONTEST_PATH, за да посочите пътя към разопакованата tarball, която след това ще бъде използвана за тестване.

Как да изтегля и инсталирам Cmake?

II- Инсталиране на CMake

Изтеглете Windows (инсталатор на WIN32). Ще получите файл, наречен cmake-version-win32-x86.exe. Стартирайте го и следвайте инсталационния процес. Не забравяйте да изберете Добавяне на CMake към опцията PATH на системата.

Как да инсталирам Gromacs с поддръжка на GPU?

Изтегляне на инструментариума CUDA

Сега изберете най-новата версия на инструментариума CUDA според вашата система от тук. Изтеглете локалния файл за изпълнение, като използвате следната команда. Файлът за изпълнение съдържа всеки основен компонент, който трябва да бъде инсталиран. Преминете към директорията, от която искате да изтеглите инсталатора.

Как да изтегля Gromacs в Linux?

1. Приготвяме се да започнем. Ако имате прясно инсталиран Ubuntu, не забравяйте да актуализирате информацията за вашето хранилище и софтуерните пакети във вашата система. ...
2. Инсталация. Първата стъпка при инсталирането на Gromacs е да получите cmake, В терминала напишете: sudo apt-get install cmake. ...
3. Лесен метод. ...
4. Редовен монтаж.

Как използвате Gromacs?

Инструментът за първоначална настройка на GROMACS използва PDB входа, за да създаде три файла, които ще са необходими за симулация на MD.
...
Настройвам

1. създайте файл „топология“.
2. конвертирате PDB протеинова структура в GRO файл, като структурата е центрирана в симулационна кутия (единична клетка)
3. създайте файл за ограничаване на позицията.

Как деинсталирате Gromacs Linux?

За деинсталиране на този пакет можете лесно да използвате командата apt и да премахнете пакета от операционната система Linux. Това ще премахне gromacs и всички зависими от него пакети, които вече не са необходими в системата. Горната команда ще премахне всички конфигурационни файлове и данни, свързани с пакета gromacs.